专科医院经营管理体系涉及到各临床专科管理的各个方面，专科经营助理是贯彻专科经营管理措施的主要执行人员，其体系主要涉及到以下几个方面。

　　专科经营分析系统

    目前，越来越多的医院逐渐实行全成本核算，但多有核算不准确、医疗成本低估、对核算出来的报表缺乏分析及对异常值的追踪远远不够等问题存在。专科经营管理的主要目的之一，就是不断促进医院全成本核算的准确性，加强对各医疗专科经营情况的分析、追踪及改善。通过对收入及成本的项目结构及成本效益的分析，同时结合专科完成的服务量情况，找到成本控制关键点，有利于医院经营管理手段的实施和调整，以达到降耗增效的目的。

　　专科绩效管理系统

    绩效管理是通过对医院战略的建立、目标分解、业绩评价，将绩效管理的成绩应用于医院日常管理活动中，以引导和激励各医疗专科的业绩实现持续改进，并最终实现组织的战略目标。而各医疗专科对科室人员的绩效管理是医院绩效管理体制的延伸，是保证专科业绩实现的重要组成部分。专科经营助理有责任协助科室绩效制度的建立及实施，并对绩效差异进行分析及提出改善建议，同时协助科室加强可控制成本的控制。

　　专科人事管理系统

    专科经营助理需动态掌握科室人员的异动情况，掌握科室的组织机能及编制，协助科室进行各种作业规范及办事细则制定，同时协助科室进行人员增补、招募、考核、职务晋升等，必要时进行人力评估，并提供人力评估报告供院领导及人力资源主管部门决策参考。

　　物料及设备管理系统

    卫生材料的使用及仪器设备等固定资产的购进是构成医疗成本的主要因素，专科经营助理的主要职责之一，就是协助资产主管部门及科室做好常备材料存量管制基准设定及评估、科室不计价材料耗用分析，对大型仪器设备的购进进行成本预测（即投资效益评估），同时追踪分析仪器设备购进后的使用情况，并与成本预测进行对比，避免设备的盲目购进及闲置。此外，对科室主要仪器设备动用率进行分析，协助科室对医疗设备闲置、汰换、减损进行及时处理，必要时对科室开展（或新增）的主要检查治疗项目进行单项成本分析等。

　　专科医务管理系统

    为了尽量地让专业的人做专业的事，在一般医院医疗专科中主要由医护人员承担的医疗事务性工作，可以交由专科经营助理协助完成，并进行相应的分析。如专科门诊的安排及协调、专科医疗收费标准申报设定（单项成本分析）、专科各医师完成业务量分析及各项质量指标的完成情况及改善措施的拟定等。

　　专科协调管理系统

    涉及到各医疗专科的空间规划及改造、环境及安全的管理、科室文书处理、各专科之间及各专科与医院职能部门之间的横纵向沟通协调、医院各种管理精神在科室的贯彻执行、全院性的服务流程改善、多部门参与项目的实施等工作,均可通过专科经营助理的协助收到更好效果。